目的: 采用焦磷酸测序技术对全基因组扩增后DNA甲基化保真性进行研究。方法:采用全基因组扩增试剂盒对L02、A549和HCT116细胞进行全基因组亚硫酸氢盐修饰后的DNA扩增,选择3个特异基因 (MGMT、GSTP1和P16)和反映基因组总甲基化水平的LINE1序列,利用焦磷酸测序技术检验扩增前后甲基化的保真性。结果:DNA平均扩增量为246倍,片段长度>1 000 bp,符合甲基化检测的基本要求。反映总甲基化水平的LINE1在扩增前后无明显变化;扩增后3个特异基因甲基化的变化幅度与扩增前基因甲基化水平相关。当基因的甲基化水平≥60%时,其扩增前后变化不大;当基因甲基化水平在≥20%~60%之间时,扩增前后的变化较大,且无一致的变化趋势;而当基因甲基化水平低于<20%时,扩增后基因甲基化水平下降显著。此外,焦磷酸测序结果表明全基因组扩增对各特异基因多个CpG甲基化位点的影响与对该基因平均甲基化水平的影响一致。结论:全基因组亚硫酸氢盐修饰后的DNA扩增适用于基因整体甲基化水平和甲基化率≥60%的特异基因的甲基化研究,但会影响低DNA甲基化率基因 (<60%)的DNA甲基化的保真性。